UNISNU membuka perkuliahan Program Studi Budidaya Perairan di Karimunjawa. Sampai sekarang sudah ada 3 angkatan sampai pada tahun akademik 2022/2023. Untuk tahun akademik mendatang yaitu tahun 2023/2024 kembali akan dibuka perkuliahan Program Studi Budidaya Periaran angkatan ke-4. Para mahasiswa dari Karimunjawa merupakan mahasiswa Reguler 2 atau kelas Karyawan, karena seluruhnya merupakan mahasiswa yang sudah bekerja.